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Le coronavirus ou Covid-19 est un virus à ARN.[1]
Qu’est-ce qu’un virus ?
Un virus est un objet de taille nanométrique, d’environ 100 nanomètres de diamètre. Il est 100 fois plus petit qu’une cellule humaine et un million de fois plus petit qu’une balle de tennis ! Cette nanoparticule se compose d’une enveloppe virale, formée d’une membrane lipidique (c’est-à-dire du gras) et de protéines, encapsulant une macromolécule codant le génome du virus.
Le coronavirus ou Covid-19 est un virus à ARN. Cela signifie que son génome est codé sous forme d’ARN, pour acide ribonucléique. L’ARN, tout comme l’ADN, est composé d’une suite de briques chimiques appelées les nucléotides.
Par rapport à un virus à ADN, le Covid-19 gagne du temps. En effet, l’ARN permet la synthèse directe de protéines, alors que l’ADN doit être d’abord transcrit en ARN avant d’être traduit sous forme de protéines.
Un virus n’est pas un organisme autonome : il a besoin d’une cellule hôte pour se reproduire. Le virus y entre par le même principe qu’une clé dans une serrure.
Les protéines S (pour spicule ou spike en anglais, signifiant « pointe »), présentes au niveau de l’enveloppe virale des coronavirus, se fixent à certains récepteurs cellulaires. Le virus est ensuite internalisé.
Une fois à l’intérieur de la cellule, le « virus père » se divise en plusieurs « virus fils » qui iront à leur tour contaminer les cellules voisines.
D’une façon générale, la réplication du génome des virus à ARN est beaucoup moins fidèle que celle du génome des virus à ADN (les ARN polymérases n’ayant pas les mécanismes de détection et correction d’erreurs qu’ont les ADN polymérases des virus à ADN). Ainsi, les virus à ARN sont particulièrement sujets aux variations génétiques (HIV, virus de l’hépatite C, par exemple), contrairement aux virus à ADN.[2]
Dès le vendredi 24 janvier 2020 au soir, le séquençage du génome du Covid-19 est lancé à l’Institut Pasteur.
L’analyse des données permet de disposer de la séquence du génome complet chez deux des trois premiers cas confirmés en France.
Mercredi 29 et jeudi 30 janvier 2020, le séquençage complet est établi puis partagé par l’Institut Pasteur.
« Les séquences sont identiques dans tous nos prélèvements. Un membre du couple a dû contaminer l’autre, c’est le même virus. » Les deux séquences complètes des virus prélevés sur deux des premiers cas français ont été déposées le 30 janvier sur la plateforme du «Global initiative on sharing all influenza data » (GISAID), initialement développée pour le partage des séquences et le suivi de l’évolution génétique des virus grippaux, essentiels pour la définition de la composition du vaccin contre la grippe. Un onglet spécial "coronavirus" a été créé pour que la communauté scientifique collabore et avance plus vite.
« Une vingtaine d’autres séquences du génome du nouveau coronavirus ont été établies dans le monde et, en les comparant avec les nôtres, nous nous apercevons qu’elles sont toutes très proches, il n’y a pas beaucoup de diversité dans les virus analysés ce qui va dans le sens que le coronavirus 2019-nCoV [ou Covid-19] n’a pas eu besoin de muter pour s’adapter et se propager », reprend Vincent Enouf.[3]